1.专业及课程设置审批权限不同。“自考本科二学历”的专业及课程设置需要全国考委和省级考委审核批准，统考课程采用全国或全省统一教材、统一命题、统一考试;而“本科辅修专业”的专业及课程设置由高校自己确定。

　　2.毕业证书效力不同。“自考本科二学历”的毕业证书由重庆市自考委和重庆交通大学联合盖章，教育部电子注册、学信网可查，符合学士学位授予条件的考生，可授予相应学科的学士学位。而“本科辅修专业”发放的毕业证书无单独电子注册备案表，辅修专业标注在主修专业学历注册信息中。另外，根据《教育部办公厅关于规范高等学校学历证书有关事项的通知》(教学厅函[2014]14号)文件要求，辅修专业证书与学历证书配合使用，一般不单独作为学历证书使用。

　　3.使用与待遇规定不同。《中华人民共和国高等教育法》和《高等教育自学考试暂行条例》对高等教育自学考试毕业生的学历从法律上予以保障，高等教育自学考试与普通高等学校的学历层次水平的要求应相一致，享有与普通高校毕业生相同的待遇。而国家对“本科辅修专业”毕业生没有明确的使用与待遇规定。